针对长期分居的情况，您可以依法提起离婚诉讼。根据《中华人民共和国民法典》相关规定，夫妻一方若要求离婚，可经由有关组织调解或直接向法院提起诉讼。由于分居已长达十二年，符合因感情不和分居满二年的法定准予离婚情形。为了个人的情感与生活解脱，建议尽快处理。
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对于分居十二年后选择起诉离婚，您可以选择协议离婚或诉讼离婚两种方式。若双方能就离婚、子女抚养和财产分割等问题达成一致意见，可选择协议离婚；若协商无果，则需通过诉讼方式解决。具体选择应依据双方协商情况和法律程序的复杂性来定。
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关于分居十二年如何正式起诉离婚，流程如下：
1. 拟定起诉书并准备相关证据，然后提交至法院。
2. 法院将对提交的材料进行审核，符合要求的将正式立案。
3. 法院会组织双方进行调解，若调解无效，则会安排开庭审理。
4. 根据庭审情况，法院会判决是否准予离婚。
如双方已达成一致意见，可直接前往婚姻登记机关办理离婚登记手续。