机井办理取水许可证需向水务局提交申请并经审查。分析：根据《中华人民共和国水法》及《取水许可和水资源费征收管理条例》，利用机井等取水工程直接从江河、湖泊、水库或地下取用水资源的，应当办理取水许可证。申请人需向具有审批权限的县级以上地方人民政府水行政主管部门提交取水申请，并提供相关材料。水行政主管部门将进行实地调查、勘测，并综合考虑取水可能对水资源节约保护、经济社会发展及第三方的影响，决定是否批准取水申请。提醒：若申请被驳回或长时间未获批准，且无法确定具体原因时，表明问题可能比较严重，应及时寻求专业法律顾问的协助。
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处理方式：从法律角度，机井办理取水许可证的常见处理方式主要包括提交申请、接受审查、根据审查意见进行整改（如需）以及领取许可证。选择方式：申请人应根据自身实际情况和取水需求，按照当地水行政主管部门的具体要求，准备齐全的申请材料，并按时提交申请。在审查过程中，若收到整改意见，应及时按要求进行整改，以便顺利获得取水许可证。
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具体操作如下：1.申请人需准备取水许可申请书、建设项目水资源论证报告书、取水工程或设施的建设和运行情况等材料，并向市政府政务服务中心市水务局窗口提交取水申请。2.水务局将安排人员现场勘查，核准凿井数、取水时段和取水量。在此期间，申请人应积极配合，提供必要的协助和信息。3.水务局将对申请材料进行审查，并在承诺时限内作出是否批准的决定。若审查通过，申请人将收到取水申请批准文件，并可开始兴建取水工程或设施。4.取水工程或设施建成并试运行后，申请人需向水务局申请取水验收。验收合格后，水务局将核发取水许可证。若验收不合格，申请人需按要求进行整改，并重新申请验收。在整个过程中，申请人应确保申请材料的真实性、完整性和合法性，并积极配合水务局的审查和验收工作。