部队经济适用房付清购房款后有产权。分析说明：从法律角度看，购买军队经济适用住房的军人在付清购房款后，拥有该房屋的全部产权。部队经济适用房的性质与地方经济适用房相似，只不过其涉及的土地管理权归属于总部房管局。因此，部队经济适用房并非部分产权或有限产权，而是完全产权。提醒：若遇到部队经济适用房产权归属不清、产权证办理受阻等问题，表明情况可能比较严重，应及时寻求专业人士的进一步帮助，以确保自身权益不受损害。
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具体操作：在法律角度下，针对部队经济适用房产权问题的不同情况，可采取以下具体操作：1. 若对产权归属有疑问，可先收集购房合同、付款凭证等相关证据，然后咨询专业律师，了解自身权益及可能的法律途径。2. 若需办理产权证明，应向军队房管局提交购房合同、身份证明等材料，按照相关规定办理产权登记手续。3. 若出现产权纠纷，可先尝试与对方协商解决；协商不成时，可向法院提起诉讼，通过法律途径解决纠纷。在诉讼过程中，应提供充分的证据证明自身对房屋拥有合法产权。请注意，在处理部队经济适用房产权问题时，应始终遵循法律法规，确保自身行为的合法性。
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处理方式：从法律角度，处理部队经济适用房产权问题的常见方式包括咨询专业律师、向军队房管局申请产权证明、以及通过法律途径解决产权纠纷等。选择建议：在面临部队经济适用房产权问题时，应根据具体情况选择合适的处理方式。若对产权归属有疑问，可先咨询专业律师以获取法律意见；若需办理产权证明，应向军队房管局提出申请；若出现产权纠纷，则可通过法律途径寻求解决。