可以申请劳动仲裁。依据《劳动法》等相关规定，工资应按约定支付，底薪计算方式不合理可申请仲裁。不及时处理可能导致合法权益受损，如工资被克扣、无法追回应得报酬等。
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常见处理方式有举报、仲裁、诉讼。建议先与雇主沟通，若无果则向劳动行政部门举报；举报无效时申请仲裁；对仲裁不满可提起诉讼。根据具体情况选择最合适的方式。
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可申请仲裁。操作如下：1.与雇主沟通，尝试解决；2.若沟通无果，向劳动行政部门举报，并提交相关证据；3.举报后问题仍未解决，准备材料申请劳动仲裁；4.对仲裁结果不满，可在规定时间内向法院提起诉讼，要求支付工资及补偿金。